《方案》提出，到2018年全国80%左右的主要港口和大型物流园区引入铁路，集装箱铁水联运量年均增长10%以上，铁路集装箱装车比率提高至10%以上，运输空驶率明显下降，全社会物流总费用占国内生产总值的比率较2015年降低1个百分点以上。到2020年，集装箱铁水联运量年均增长10%以上，铁路集装箱装车比率提高至15%以上，大宗物资以外的铁路货物便捷运输比率达到80%，准时率达到95%，运输空驶率大幅下降。全社会物流总费用占国内生产总值的比率较2015年降低2个百分点。

《方案》提出，要完善枢纽集疏运系统，尽快打通连接枢纽的“最后一公里”，加快实施铁路引入重要港口、公路货站和物流园区等工程。加快推进部分铁路枢纽货运外绕线建设，提高城市中心城区既有铁路线路利用水平。其中，交通运输部、中国铁路总公司要加快制定港口集疏运铁路建设方案，实施大连港、天津港、青岛港、宁波舟山港、广州港、重庆港、武汉港、南京港等港口的集疏运系统建设项目;推进铁路线路引入内陆港、保税港区等;建设武汉港江北铁路二期，宜昌港紫云姚地方铁路，荆州港车阳河港区至焦柳铁路连接线，长沙港新港铁路专用线，岳阳港松阳湖铁路支线，连云港港赣榆港区铁路专用线，重庆珞璜港进港铁路专用线改扩建等。同时，交通物流枢纽周边道路畅通工程，抓紧实施沿海和长江主要港口集疏运改善方案，实施昆明王家营、东莞石龙等2000个铁路货场周边道路畅通工程和交通组织优化方案。

《方案》要求，优化交通枢纽与物流节点空间布局，积极拓展航运中心、重要港口、公路港等枢纽的物流功能;沿南北沿海通道，服务沿海主要经济区、主要城市与港口，构筑便捷通畅的骨干物流通道;提高联运服务水平，鼓励铁路运输企业在沿海主要港口与腹地物流园区之间开行小编组、快运行的钟摆式、循环式等铁路集装箱列车;推动集装箱铁水联运、铁公联运两个关键领域在“一单制”运输上率先突破;打造综合型公路港，以全国性和部分区域性综合交通物流枢纽为重点，形成约50个与铁路货运站、港口、机场等有机衔接的综合型公路港，提供一站式服务。同时，铁路、港口等运输企业要顺应市场供求形势变化，加快完善运输组织方式，整合作业环节，清理和简化收费项目，降低收费标准，并探索在铁路市场引入社会化集装箱经营主体，铁路运输企业要积极向现代物流企业转型，开放各类信息和接口，提高多式联运服务能力。